Parallelamente al percorso di visita dedicato alla storia del monastero, che si sviluppa attraverso i tre grandi ambienti trecenteschi del piano terreno, le chiese e i chiostri del complesso, un secondo percorso, organizzato in sezioni, è specificamente dedicato all'esposizione di reperti e di opere messi in evidenza da vari apparati descrittivi e da un'ampia documentazione fotografica.
Cinque delle sei sezioni seguono cronologicamente la storia di Brescia, l'ultima è dedicata alla storia del collezionismo d'arte nella città:

- L'età preistorica e protostorica

- L'età romana

- L'età altomedioevale. Longobardi e Carolingi

- L'età del Comune e delle Signorie

- L'età veneta

- Collezionismo e arti applicate.