La chiesa di San Salvatore rappresenta una delle testimonianze più importanti dell'architettura religiosa altomedievale, ben riconoscibile nonostante le aggiunte dei secoli successivi.
All'interno della chiesa sono esposti vari manufatti, in marmo e terracotta, di alta qualità esecutiva, riferibili ad antichi arredi liturgici tra i quali spicca la celeberrima lastra con pavone.
L'ampio interno ricalca l'assetto delle basiliche bizantino-ravennati: diviso in tre navate da colonne e archi, è illuminato da una doppia serie di finestre. Gli interventi di restauro del 1960 circa hanno messo in luce non solo le murature originarie attribuibili all'epoca di fondazione del monastero (753 d.C.), ma anche, sotto la basilica, una domus e le fondazioni di una chiesa più antica (metà sec. VII).
Il ricco apparato decorativo è in parte conservato. Il recupero di elementi classici e bizantini è testimoniato dalle colonne romane di marmi variegati e dalle due con capitelli a paniere; altre colonne risultano di fabbricazione longobarda. Ricca era la decorazione con stucchi e affreschi. I primi sussistono ancora in particolare in due sottarchi e due ghiere della navata sud. Sulle pareti della navata centrale le raffigurazioni dipinte erano disposte su tre registi, con episodi della vita di Cristo e delle martiri cristiane le cui reliquie erano deposte nella cripta. Alla base delle raffigurazioni correvano iscrizioni dipinte in parte ancor oggi leggibili.
Nel corso dei secoli vari interventi modificarono la struttura dell'edificio. Venne aggiunto il campanile (sec. XIV) e furono aperte in momenti successivi le tre cappelle a nord. Alla base del campanile Gerolamo Romanino affrescò le Storie della vita di Sant'Obizio (1524-1530); si devono alla mano di Paolo da Caylina il Giovane e alla sua bottega (1527-1530 circa) i dipinti della controfacciata e della prima cappella con, sulle pareti, la Vita della Vergine e di Cristo e, sulla volta, gli Angeli musicanti. Nella cappella centrale sono visibili le Storie di San Giovanni Battista, affreschi di un maestro milanese della seconda metà del sec. XIV.
Dalle navatelle laterali si accede, attraverso due scale, alla cripta, costruita probabilmente fra il 762 e il 763 per accogliere le reliquie di Santa Giulia e di altri martiri.

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