La storia del monastero ha origini antiche. Edificato in età longobarda su preesistenti domus romane, il monastero venne in seguito ampliato e modificato più volte, fino ad assumere l'aspetto attuale caratterizzato da più edifici ecclesiastici, chiostri e cortili.
Fondato nel 753 per volontà di Desiderio e Assa, all'epoca duchi legati alla terra bresciana e poi ultimi sovrani longobardi, il monastero venne inizialmente dedicato a San Salvatore ma ben presto assunse anche la dedica a Santa Giulia, martire di origine cartaginese le cui spoglie vennero qui traslate nel 763.
Diverse materiali provenienti dall'area monastica contribuiscono a restituire un'immagine del ricco arredo degli antichi ambienti: tra di essi il pluteo con grande croce dalla ricca decorazione a fasce e gemme dell'ottavo secolo, l'altorilievo con la Madonna col Bambino, eccezionale testimonianza figurativa dell'età carolingia datata alla prima metà del IX secolo, e una serie di capitelli lavorati a motivi vegetali e figurati di scuola antelamica (XII secolo).
L'intesa attività di scavo che ha interessato il complesso in più periodi ha inoltre portato alla luce sia grandi quantità di vasellame, sia testimonianze del fenomeno del reimpiego di materiali antichi ricorrente nelle diverse fasi costruttive del monastero: tra le numerose lastre di sarcofagi romani riutilizzati come materiali da costruzione spicca la grande lastra, quasi integra, rappresentante la Battaglia delle Amazzoni.
La rivisitazione della storia del monastero può essere continuata ripercorrendo i luoghi principali del suo progressivo sviluppo: la chiesa di San Salvatore (dall'ottavo secolo) e quella di Santa Maria in Solario (dalla metà del XII secolo), il corpo di fabbrica dedicato al Coro delle Monache (della seconda metà del Quattrocento), fino alla tardo cinquecentesca chiesa di Santa Giulia.