Il titolo della sezione si riferisce al periodo della storia di Brescia compreso fra l'XI secolo e il primo quarto del XV, caratterizzato appunto dalla formazione del Comune autonomo e dal succedersi, a partire dalla metà del Trecento, di signorie esterne (gli Scaligeri di Verona, i milanesi Visconti e Pandolfo Malatesta di Fano), oltre che dalla breve signoria locale del vescovo Berardo Maggi (1298-1308).
Diverse testimonianze aiutano a comprendere l'organizzazione sociale e politica della città nel basso medioevo anche facendo riferimento ai luoghi del potere economico, politico e ecclesiastico.
Vari materiali sono riferibili al palazzo comunale del Broletto, costruito a partire dalla prima metà del Duecento: due teste e di lupo (protomi), rari esemplari della scultura bronzea del XII secolo, pur precedenti alla costruzione del palazzo furono riutilizzate come elementi decorativi nella facciata meridionale; tradizionalmente assegnate al Broletto, sebbene di provenienza incerta, sono alcune sculture con figure maschili, forse telamoni, di notevole interesse e che, per le notazioni di costume, si collocano tra alla fine del XIII secolo e l'inizio del XIV. Alla stessa area di provenienza è stato ricondotto in passato anche il capitello figurato della metà del XII secolo, realizzato in pietra di Rezzato.
Del memorabile evento della costruzione della cinta muraria cittadina degli anni 1237-1254 resta ricordo in due lastre di pietra. In una di esse il Santo Patrono Faustino è ritratto in veste di cavaliere per indicarne la forza, come protettore della città, e la nobiltà.
Dai vari centri della vita e della cultura religiosa provengono numerosi altri materiali quali capitelli e lacerti di affreschi; in particolare dal convento agostiniano di San Barnaba proviene la statua acefala del vescovo Berardo Maggi, in origine parte di una fontana collocata in un chiostro del convento.