Sede del museo è il monastero benedettino femminile di San Salvatore e Santa Giulia, fondato nel 753 d.C. dal re longobardo Desiderio. Il complesso occupa la zona nord-orientale della città antica dove, nel corso dei secoli, si sono sovrapposte e stratificate notevoli testimonianze archeologiche e monumentali.
Emblematico è il caso della basilica di San Salvatore (sec. VIII) con la sottostante area archeologica (domus romane, in uso dalla metà del I alla metà del V sec.). L'area del monastero, che comprende le chiese di Santa Maria in Solario (sec. XII) e di Santa Giulia (secc. XV - XVI) e tre chiostri rinascimentali, fu acquisita, dopo la soppressione napoleonica, dal Comune di Brescia il quale, nel 1882, inaugurò nella chiesa di Santa Giulia il Museo dell'Età Cristiana.
Il progressivo processo di riscoperta e di riappropriazione culturale del complesso, recentemente concluso grazie ad imponenti lavori di restauro (1990-1998), ha consentito di aprire al pubblico un ricco e articolato complesso museale sviluppato attorno a due percorsi: l'uno dedicato alla storia del monastero attraverso i suoi luoghi, l'altro denso di opere e testimonianze provenienti dalla città e dal suo territorio, articolato nelle seguenti sezioni:
- L'età preistorica e protostorica
- L'età romana
- L'età altomedioevale. Longobardi e Carolingi
- L'età del Comune e delle Signorie
- L'età veneta
- Collezionismo e arti applicate.

Una selezione degli annosi e approfonditi studi che hanno accompagnato l'opera di recupero e rifunzionalizzazione del complesso è offerta nel cenno bibliografico.

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