La sezione, ospitata in Palazzo Martinengo insieme con la Pinacoteca, comprende tutte le opere d'arte su carta conservate presso i Civici Musei d'Arte e Storia, la cui varietà è esemplificabile in una selezione di opere principali ed è testimoniata nel cenno bibliografico.
La parte più rilevante del fondo è costituita dalla raccolta delle stampe, che consta di circa 25000 pezzi; accanto ai fogli sciolti, la sezione possiede un rilevante numero di volumi e una serie di matrici in rame e in legno. Il nucleo originario della raccolta si deve al cardinale Angelo Maria Querini, fondatore dell'attuale biblioteca civica; si aggiunsero poi i legati di Paolo Tosio e Camillo Brozzoni, diverse donazioni e numerosi acquisti municipali. Accanto ad opere delle maggiori personalità dell'incisione italiana ed europea dei secoli XV e XVI (Andrea Mantegna, Zoan Andrea e Giovanni Antonio da Brescia, Martin Schongauer e Luca di Leida) la raccolta documenta con abbondanza la produzione di stampe del Seicento e del Settecento, con importanti nuclei delle diverse scuole nazionali ed estere, a cominciare da quella francese. Ricchi fondi attestano l'attività di maestri celebri e prolifici: Marcantonio Raimondi, Albrecht Dürer, Stefano della Bella, Jacques Callot, Rembrandt e Francesco Bartolozzi. Completano la collezione scelti fogli del primo Ottocento e una selezione di grafica del Novecento.
La raccolta dei disegni, formata da oltre 1500 pezzi, conserva per lo più opere di epoca neoclassica e fondi di noti artisti bresciani dell'Otto e del Novecento (Luigi Basiletti Angelo Inganni, Romolo Romani). Il nucleo dei disegni antichi, circa 160, deriva principalmente dai lasciti Querini e Tosio e comprende alcuni pezzi di grande pregio, afferenti soprattutto alla scuola veneta e lombarda. La sezione custodisce inoltre la grande collezione Fè d'Ostiani di dipinti giapponesi e cinesi su carta e seta.

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