La fondazione del museo risale al 1887 sulla scia della grande esposizione nazionale avvenuta a Torino nel 1884 per la quale erano stati raccolti molti materiali della storia bresciana.
Nell'ottica patriottico-celebrativa dell'Italia postunitaria l'iniziativa aveva dato luogo a una delle più importanti collezioni della nazione. Il museo accoglie oggetti e documenti pervenuti da lasciti, donazioni e acquisti, che permettono un suggestivo racconto dell'epoca risorgimentale: iniziando dall'ultimo periodo della dominazione veneta a Brescia (seconda metà del Settecento), per passare alla Repubblica Bresciana, al periodo Napoleonico, alle guerre di Indipendenza, alle Dieci Giornate di Brescia, fino spedizione dei Mille e all'epoca zanardelliana. Alcune opere principali offrono un'idea dell'estrema varietà costituita da dipinti, lettere, bandi, proclami, decreti, stampe e numerosi cimeli, mentre ulteriori notizie possono essere ricavate dal cenno bibliografico.
Sono ora in corso studi rivolti a individuare nuovi criteri espositivi più consoni a illustrare le vicende storiche in relazione all'ambito territoriale del museo: a tale scopo, dal 2005 il Museo è sede di mostre temporanee dedicate, di volta in volta, a specifici temi risorgimentali.

Attualmente il museo è sede della mostra
L'Italia degli Italiani. Brescia dopo l'unità

Il Museo aderisce all'Associazione Musei per la Storia in Lombardia.

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