Tradizionale sede della direzione scientifica e degli uffici per la gestione del complesso museale, la Direzione è recentemente confluita nel Settore Musei di Arte, Storia e Scienze del Comune di Brescia.
Alle normali attività di studio e conservazione del patrimonio, oltre che della cura degli assetti estensivi dei singoli musei, la Direzione affianca vari servizi rivolti al pubblico.
Parallelamente alle attività della Fototeca, regolarmente aperta al pubblico, un apposito Ufficio per la Didattica svolge il compito della progettazione e del coordinamento delle diverse iniziative educative.
Ai rapporti con l'utenza è dedicato il Centro di Informazioni e Prenotazioni.
La direzione cura inoltre il Catalogo informatizzato delle raccolte, predisponendone anche la pubblicazione on line, e promuove progetti speciali di ricerca sul patrimonio.
Nell'ambito delle attività dell'Assessorato alla Cultura del Comune di Brescia, la Direzione concorre nella realizzazione di esposizioni, convegni, conferenze, seminari e pubblicazioni varie, sinteticamente ricordate nel Cenno bibliografico, compreso il notiziario periodico "Museo Bresciano".

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